Le CML (Chemical Markup Language)

December 6th, 2009

Bonjour, quoi de mieux pour commencer la semaine qu’un billet à propose du CML (Chemical Markup Language).

L’univers de la représentation des structures moléculaires est présentement dominé par les formats propriétaires développés par Cambridgesoft (.chm & .cdx) et Symyx Technology (.skc). Cette situation a, entre autre, comme conséquence que le développement des applications libres d’édition de structure moléculaire (pour Linux par exemple) est relativement peu avancé. Pour cette raison, l’utilisation des OS alternatifs parmi les étudiants de chimie et biochimie est extrêmement peu répandue.

Le CML est une alternative aux formats propriétaires qui permet de décrire les structures de composés chimiques de façon précise et indépendante de la plateforme utilisée. Le CML a été inventé par Peter Murray-Rust et Henry Rzepa en 1994 dans le but de créer une nouvelle approche de gestion des informations moléculaires utilisant la technologie XML. Bien qu’à la base, le CML soit strictement basé sur le SGML, il est entièrement compatible avec le XML. Contrairement à d’autres formats similaire tel que le CDXML développé par Cambridgesoft dans le cadre de sa suite de logiciel ChemOffice, le CML permet de décrire les données d’un large éventail de domaine relatif à la chimie. (source http://wwmm.ch.cam.ac.uk/blogs/cml/?p=38) Par exemple, il peut être utilisé pour décrire plusieurs types de spectres, pour décrire les molécules organiques ainsi que leur réactions, pour décrire les structures cristallines obtenues par diffraction des rayon X et bien plus encore. (Source http://cml.sourceforge.net/historical/faq.html#whatdiscip)

CML inclue les spécifications de plusieurs autres langages de balisage basés sur le XML tel que MathML, ThermoML, CIF et AniML. Les spécifications complètes de CML sont disponibles sous une multitude de modules dont le plus important, CMLCore, est disponible à l’adresse http://cml.sourceforge.net/schema/cmlCore.xsd. L’espace de nom correspondant est le ‘http://www.xml-cml.org/schema/cml2/core’.

Il existe plusieurs options pour visualiser les informations contenues dans un fichier CML. Peter Murray-Rust a grandement contribué au développement de JUMBO (Java Universal Markup Browser for Objects), une librairie Java qui permet de représenter les informations contenues dans le CML sous forme d’objets qui peuvent ensuite être utilisée pour une grande variété de contextes (affichage via SVG, conversion entre différents formats, validation/édition de CML, etc.). JUMBO comprends plus de 300 classes et est toujours en évolution. (source http://sourceforge.net/projects/cml/) La plupart des logiciels d’édition de structure supportent CML et plusieurs, tel que JchemPaint (dessins 2D) ou Jmol (dessins 3D) sont des logiciels libres.

Je vous invite à lire la publication originale des spécifications du CML, disponible au http://www.rsc.org/suppdata/NJ/b0/b008780g/cmlarticle.html, qui présente de manière extensive les possibilités offertes par ce format.

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Quelques petits trucs relatif à MSN

August 4th, 2007

Bonjour cher lecteur! Aujourd’hui, j’ai décidé de faire changement de mon style habituel d’écriture pour présenter quelque chose d’un peu plus technique. N’ayez crainte, je reviendrai à mon style d’antan dès la prochaine fois!. J’entreprends donc aujourd’hui de vous instruire sur deux trucs intéressants relatif au célèbre logiciel de Microsoft,Windows Live messenger.

Le premier permet de résoudre un problème chronique de ceux qui ont des longues listes connaissent bien. Il y a toujours une couple de personnes qu’on ne sais plus trop de qui il s’agit. Ce sont en général ces personnes qui se connectent et se déconnectent sans cesse, polluant le coin inférieur droit de l’écran de notifications inutiles. Eh bien, sachez qu’il existe un site qui permet de savoir si vous avez étédeleté de la liste d’un de vos contact. Ainsi, pourquoi conserver dans votre liste celui qui vous a flushé? Bref, pour savoir précisément qui sont ceux qui ne vous estiment pas, allez rendre visite au site suivant:

http://www.checkmessenger2.net/en/z/check-messenger/

Vous devez entrer votre login/password puis ensuite attendre quelques secondes. Il apparaît alors une copie de votre liste dans laquelle les gens dont vous ne faite pas partit de la liste sont clairement indiqué! Bon ménage!

Le deuxième sujet que je voulais aborder concerne la publicité qui apparaît au bas de msn. Si vous êtes de la région de Montréal et connecté par Vidéotron (comme c’est mon cas), le bas de votre liste MSN est pollué incessamment par les têtes à claque, des nouvelles sans âme de Québécor et pire, “les vidéos les plus stupides du web!!”. Personnellement, rien ne me fruste plus que de me faire coller une publicité indésirable en pleine face alors que je jase à mes amis en toute tranquillité. Alors, la grande question est: Comment enlever ces publicités?

La petite réponse à cette grande question est : A-Patch!
C’est un petit programme qui permet d’enlever ce que vous voulez de MSN. Les publicités, les images, les boutons de smiley animés, les propositions de dossier partagé, les icônes des contacts, tout! C’est relativement facile à utiliser et ça fonctionne à merveille! Pour vous le procurez, vous devez connaître la version exacte de votre MSN. Pour ce faire, allez à la fenêtre de votre liste de contacts, tapez Alt
afin de faire apparaître les menus en haut, et dans le menu “?”, choisissez le dernier choix: “À propos de XXXXXXX”. La fenêtre qui apparaîtra contient le numéro de version exacte de votre logiciel. Ensuite, allez sur ce site:

http://apatch.ikhost.com/downloads.php

et downloadez la version de A-Patch qui correspond à la version que vous possédez. Ouvrez A-Patch et suivez ensuite les instruction pour enlever ce que vous ne voulez plus voir!

Petite note très importante:
Si vous patchez MSN, puis que vous voulez ajouter ou enlever d’autres éléments, il faut absolument restaurer le logiciel (c’est indiqué dans A-Patch comment faire). Il ne faut *JAMAIS* patcher 2 fois de suite sans quoi MSN cessera de fonctionner et vous devrez le réinstaller!

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