L’univers de la représentation des structures moléculaires est présentement dominé par les formats propriétaires développés par Cambridgesoft (.chm & .cdx) et Symyx Technology (.skc). Cette situation a, entre autre, comme conséquence que le développement des applications libres d’édition de structure moléculaire (pour Linux par exemple) est relativement peu avancé. Pour cette raison, l’utilisation des OS alternatifs parmi les étudiants de chimie et biochimie est extrêmement peu répandue.

Le CML est une alternative aux formats propriétaires qui permet de décrire les structures de composés chimiques de façon précise et indépendante de la plateforme utilisée. Le CML a été inventé par Peter Murray-Rust et Henry Rzepa en 1994 dans le but de créer une nouvelle approche de gestion des informations moléculaires utilisant la technologie XML. Bien qu’à la base, le CML soit strictement basé sur le SGML, il est entièrement compatible avec le XML. Contrairement à d’autres formats similaire tel que le CDXML développé par Cambridgesoft dans le cadre de sa suite de logiciel ChemOffice, le CML permet de décrire les données d’un large éventail de domaine relatif à la chimie. (source http://wwmm.ch.cam.ac.uk/blogs/cml/?p=38) Par exemple, il peut être utilisé pour décrire plusieurs types de spectres, pour décrire les molécules organiques ainsi que leur réactions, pour décrire les structures cristallines obtenues par diffraction des rayon X et bien plus encore. (Source http://cml.sourceforge.net/historical/faq.html#whatdiscip)

CML inclue les spécifications de plusieurs autres langages de balisage basés sur le XML tel que MathML, ThermoML, CIF et AniML. Les spécifications complètes de CML sont disponibles sous une multitude de modules dont le plus important, CMLCore, est disponible à l’adresse http://cml.sourceforge.net/schema/cmlCore.xsd. L’espace de nom correspondant est le ‘http://www.xml-cml.org/schema/cml2/core’.

Il existe plusieurs options pour visualiser les informations contenues dans un fichier CML. Peter Murray-Rust a grandement contribué au développement de JUMBO (Java Universal Markup Browser for Objects), une librairie Java qui permet de représenter les informations contenues dans le CML sous forme d’objets qui peuvent ensuite être utilisée pour une grande variété de contextes (affichage via SVG, conversion entre différents formats, validation/édition de CML, etc.). JUMBO comprends plus de 300 classes et est toujours en évolution. (source http://sourceforge.net/projects/cml/) La plupart des logiciels d’édition de structure supportent CML et plusieurs, tel que JchemPaint (dessins 2D) ou Jmol (dessins 3D) sont des logiciels libres.

Je vous invite à lire la publication originale des spécifications du CML, disponible au http://www.rsc.org/suppdata/NJ/b0/b008780g/cmlarticle.html, qui présente de manière extensive les possibilités offertes par ce format.

E.g. est l’abréviation de “exempli gratia“, qui se traduit par “par la grace de l’exemple”. Cette abréviation doit dont ètre suivie par un exemple qui sert à illustrer ce qui a été expliqué auparavant. L’exemple peut être une (ou des) phrase(s) qui décrivent l’idée ce dont on parle, mais ce peut aussi être une liste de termes qui correspondent ce à quoi on fait référence. Il est a noter que si notre exemple est une liste, celle-ci ne peut pas se terminer par “etc.” parce que le “e.g.” indique déjà que la liste est un exemple et est par conséquent, incomplète!

I.e.
I.e. est l’abréviation de “Id est“, qui se traduit par “c’est à dire”. Cette abréviation doit être suivie par une reformulation de ce qui a été expliqué auparavant. Il faut donc redire la même chose, mais dans d’autres mots afin que le lecteur puisse être certain qu’il a bien compris. On l’utilise pour s’assurer qu’une idée possiblement difficile à expliquer soit bien comprise.

Exemples :

• - Il y a plusieurs sites de réseautage social sur le net. E.g.: Facebook, Twitter, Myspace.
• - Le chauffeur ivre roulait comme un malade. I.e., Il conduisait très rapidement en effectuant des manoeuvres illégales et dangereuses

Le thème de mon blog ne change pas : Je discute de sujets divers qui m’intéressent, qui sont divertissant et qui stimulent mon imagination. J’essaye d’aborder des sujets qui sont un peu underground ou scientifique. À mon avis, la combinaison des deux est idéale. Je ne m’impose aucune restriction, même si cela veut dire que certains textes vont choquer. On est sur l’internet après tout! À bien y penser, si vous êtes outré par l’un de mes posts, vous avez probablement l’âme trop sensible pour naviguer sur le net parce que jusqu’à date, ils sont très politicaly correct.

Pour les impatients, voici une courte et incomplète liste des sujets que je souhaitent aborder :

• Les roolings clouds
• Les villes souterraines
• L’histoire de la musique Goa en inde
• Les psychotropes dissociatifs
• Respirer du liquide
• Les fluides non newtoniens
• Les gens qui vivent dans le métro de New York
• Quelques trucs de programmation Web qui donnent des résultats vraiment cool
• La formation des montérégiennes
• Les prochaines éclipses au Québec (lune et soleil)
• Les objets à la limite du système solaire
• Les effets secondaires les plus étranges causés par des médicaments
• Des maladies vraiment hors du commun
• Des vidéos qui dépassent l’imagination

MurpH

Ce sont des nuages de convection, ce qui signifie qu’il est plus probable de les voir apparaitre une journée chaude et humide. En raison de cette caractéristique, il n’y a pas de cumulus en antarctique! En effet, il fait trop froid sur ce continent pour que des courants de convection assez forts se forment pour créer les cumulus. Ils ne sont jamais très hauts, environ 600 à 100 mètres d’altitude. De plus, ils sont espacés les un des autres, c’est-à-dire qu’ils ne forment pas une couche continue de nuages dans le ciel.

Les quatre espèces de cumulus

Il est possible de classer les cumulus en quatre espèces. C’est principalement la grosseur du nuage qui fait en sorte que le cumulus appartient à une espèce ou à une autre. Les quatre espèces de cumulus sont les suivantes.

Un cumulus fractus est un bébé nuage!

Le cumulus fractus est le bébé naissant des cumulus. Il ressemble à un lambeau de soie blanche déchiqueté dans le ciel. Généralement, quand on regarde le ciel et qu’il y a un minuscule nuage blanc, tellement petit qu’il en fait pitié, les chances sont bonnes que ce soit un cumulus fractus. On peut aussi retrouver le cumulus fractus juste après une averse provenant d’un autre nuage. Dans ce cas, il n’est pas nécessairement blanc parce qu’il est probable qu’il soit dans l’ombre de son nuage parent, mais il garde le même look et grosseur que son confrère de beau temps. Le cumulus fractus ne produit jamais de pluie, il est beaucoup trop petit et inoffensif pour ça!

Un petit cumulus humilis au dessus des montagnes. Voyez comme il semble douillet et confortable.

Le cumulus humilis est le nuage de beau temps par excellence. C’est celui qui vient faire un peu d’ombre lors d’un pique-nique. Les cumulus humilis sont plus larges que haut et ne provoquent pas de précipitations. Bien que pour les gens au sol, il soit complètement inoffensif, il reste que c’est un nuage de convection et que si vous passez juste en dessous en avion, vous allez ressentir quelques turbulences.

Un cumulus mediocris, remarquez comment il est aussi haut que large. Celui-ci est imposant et va bientôt devenir un cumulus congestus.

Le cumulus mediocris est la version extra jumbo du cumulus humilis. Il lui ressemble beaucoup en fait et il peut être difficile de faire la différence entre un gros cumulus humilis et un petit cumulus mediocris. Heureusement, il existe une règle approximative pour trancher entre les deux en cas de confusion. Si le nuage est aussi haut que large, c’est un médiocris. Souvent, le dessous d’un cumulus médiocris est légèrement plus foncé que le dessous, mais ce n’est pas un nuage de pluie pou autant. Il arrive parfois que le dessus ressemble à un chou-fleur, avec des bosses et des creux d’un blanc vif. Ce n’est pas toujours le cas et il ne faut pas se fier à ça pour l’identifier; ce qui compte, c’est la grosseur!

Quand un cumulus congestus s’avance ainsi lors d’une randonnée en montagne, il est préférable de se trouver un abris

Le cumulus congestus est le grand-papa obèse des cumulus. On le reconnait parce qu’il est plus haut que large. Parfois, il est assez haut pour ressembler à une grosse colonne de ouate. Le dessus ressemble à un choux fleur, avec un paquet de grosses bosses blanche. Ceci est très important parce que si le dessus est flou, on ne parle plus d’un cumulus humilis mais bien d’un cumulonimbus. Contrairement à ses petits cousins, le cumulus congestus n’est pas un nuage de beau temps. Son dessous est d’un gris menaçant et il provoque souvent des averses de courtes durées. Si vous partez en promenade et que le ciel est remplis de cumulus congestus, il va probablement faire beau, mais apportez votre parapluie parce que si l’un deux décide de vous passer au dessus de la tête, vous allez vous faire mouiller!

Comme je l’ai mentionné plus tôt, les cumulus ont tendance à grandir, ainsi, le bébé fractus deviendra un humilis, qui deviendra un mediocris puis un congestus. Quand les cumulus deviennent des congestus avant l’heure du midi, il y a de bonnes chances qu’il y ait une averse au courant de l’après midi.

L’unique variété de cumulus

En plus des quatre espèces que j’ai présentées plus tôt et qui se rapportent à la grosseur des nuages, il existe aussi une variété qui se rapporte à leur disposition. Quand les cumulus forment une série de rangées parallèles à la direction du vent, on dit alors qu’ils sont de la variété radiatus. À cause de l’effet de perspective, les lignes semblent converger vers l’horizon. Tous les types de cumulus peuvent être de la variété radiatus. Par exemple, on peut avoir des cumulus humilis radiatus, ce qui signifie qu’il y a dans le ciel une série de petits nuages ouateux plus large que haut qui forment des lignes dans le sens du vent. De la même manière, il peut y avoir des cumulus mediocris radiatus, des cumulus congestus radiatus et ainsi de suite…

Voilà, maintenant soyez heureux et allez contempler en toute conaissance de cause les cumulus

Le premier permet de résoudre un problème chronique de ceux qui ont des longues listes connaissent bien. Il y a toujours une couple de personnes qu’on ne sais plus trop de qui il s’agit. Ce sont en général ces personnes qui se connectent et se déconnectent sans cesse, polluant le coin inférieur droit de l’écran de notifications inutiles. Eh bien, sachez qu’il existe un site qui permet de savoir si vous avez étédeleté de la liste d’un de vos contact. Ainsi, pourquoi conserver dans votre liste celui qui vous a flushé? Bref, pour savoir précisément qui sont ceux qui ne vous estiment pas, allez rendre visite au site suivant:

http://www.checkmessenger2.net/en/z/check-messenger/

Vous devez entrer votre login/password puis ensuite attendre quelques secondes. Il apparaît alors une copie de votre liste dans laquelle les gens dont vous ne faite pas partit de la liste sont clairement indiqué! Bon ménage!

Le deuxième sujet que je voulais aborder concerne la publicité qui apparaît au bas de msn. Si vous êtes de la région de Montréal et connecté par Vidéotron (comme c’est mon cas), le bas de votre liste MSN est pollué incessamment par les têtes à claque, des nouvelles sans âme de Québécor et pire, “les vidéos les plus stupides du web!!”. Personnellement, rien ne me fruste plus que de me faire coller une publicité indésirable en pleine face alors que je jase à mes amis en toute tranquillité. Alors, la grande question est: Comment enlever ces publicités?

La petite réponse à cette grande question est : A-Patch!
C’est un petit programme qui permet d’enlever ce que vous voulez de MSN. Les publicités, les images, les boutons de smiley animés, les propositions de dossier partagé, les icônes des contacts, tout! C’est relativement facile à utiliser et ça fonctionne à merveille! Pour vous le procurez, vous devez connaître la version exacte de votre MSN. Pour ce faire, allez à la fenêtre de votre liste de contacts, tapez Alt
afin de faire apparaître les menus en haut, et dans le menu “?”, choisissez le dernier choix: “À propos de XXXXXXX”. La fenêtre qui apparaîtra contient le numéro de version exacte de votre logiciel. Ensuite, allez sur ce site:

http://apatch.ikhost.com/downloads.php

et downloadez la version de A-Patch qui correspond à la version que vous possédez. Ouvrez A-Patch et suivez ensuite les instruction pour enlever ce que vous ne voulez plus voir!

Petite note très importante:
Si vous patchez MSN, puis que vous voulez ajouter ou enlever d’autres éléments, il faut absolument restaurer le logiciel (c’est indiqué dans A-Patch comment faire). Il ne faut *JAMAIS* patcher 2 fois de suite sans quoi MSN cessera de fonctionner et vous devrez le réinstaller!

Cette caverne, c’est un trou de 40 mètres de long et 9 de profond qui a été crée par le passage des glaciers il y a environ 10 000 ans. C’est la seule caverne de ce type au monde! À l’intérieur, la température est quasi-constante à 5C et le taux d’humidité avoisine le 100%. Si on désire la visiter, il faut effectuer une réservation 2 semaines d’avance. Les lampes et casques sont fournis sur place.

En plus, comme toute caverne urbaine, elle a une histoire sympathique. Elle aurait été découverte vers 1811 et aussitôt, une grande quantité de curieux allaient la visiter via les sentiers de terre qui faisaient office de route dans cette région de l’ile à l’époque. Il semblerait que les amérindiens ne l’avaient pas visité auparavant, mais je dois avouer que j’ai des gros doutes là-dessus étant donné leur très bonne connaissance de la nature… La caverne aurait été utilisée comme dépôt d’armes et certain des patriotes s’y seraient caché lors des évènements de 1837.

Emplacement:
http://maps.google.com/maps?f=q&hl=fr&geocode=&q=5200+boul.+Lavoisier,
+Montreal&sll=37.0625,-95.677068&sspn=45.736609,92.8125&ie=UTF8&ll=45
.586473,-73.605351&spn=0.019852,0.045319&z=15&iwloc=addr&om=1

Malheureusement, je n’ai pas trouvé d’images de l’intérieur de la caverne. Si cela se produit, je viendrai l’ajouter mais en attendant, utilisez votre imagination. (C’est facile: il fait noir dans une caverne…)

]]> http://www.vivemurph.com/blog/?feed=rss2&p=14 http://www.vivemurph.com/blog/?p=13 http://www.vivemurph.com/blog/?p=13#comments Wed, 27 Jun 2007 12:59:51 +0000 vivemurph http://www.vivemurph.com/blog/?p=13

Voici le champignon tel qu’il était 15 secondes après l’explosion. La photo a été prise à 21 kilomètres de distance. (source wikipedia).

Bonjour cher lecteur en manque de sensations fortes. Maintenant que la St-Jean est passée et que tous ont eu leur lot de feux d’artifices et d’explosions dans les airs, il y en a surement certains qui se trouvent en manque de détonations d’envergure… Sachez que vous êtes au bon endroit pour apaiser votre manque parce que j’ai décidé de vous parler de l’explosion d’Halifax!

On pourrait se demander : “Ben voyons donc, il n’y a pas eu d’explosion dans cette ville tranquille à ce que je sache”. Faux! En fait, Halifax a été, il y a quelques années le site de la plus grande explosion artificielle non-nucléaire de tous les temps. Ça s’est passé le 6 décembre 1917, en pleine première guerre mondiale. Il y avait un bateau d’accosté dans le port d’Halifax qui se nommait le mont-blanc. Il provenait de New York et s’en venait ici pour faire partit d’un convoi destiné à amener des munitions aux soldats. Il faut croire que les soldats avaient besoin de beaucoup de munitions puisque le bateau contenait rien de moins que 2653 tonnes d’explosif. Par un grand coup de malchance, un autre bateau, appelé le Imo, est entré en collision avec le mont-blanc. Sur le coup, rien ne s’est produit, à part un grand trou. Par la suite, voulant séparer leur navires, les capitaines ont fait marche arrière. Le reculons a fonctionné mais ça l’a fait des flammèches qui ont causé un incendie.

Alors que les pompiers de toutes les villes avoisinantes accouraient et que les marins se sauvaient, à exactement 9 :04 :35 le matin, le mont blanc à explosé avec une telle puissance qu’une boulle de feu haute de 1.6 kilomètres en forme de champignon a englobé la ville. 1500 personnes sont mortes sur le coup, 500 autres sont mortes dans les minutes suivantes et environ 9000 ont été blessées.

La force de l’explosion a généré une pluie de bouts de métal qui s’est abattue sur la ville ainsi qu’un raz de marée de 18 mètres de hauteur qui a détruit ce qui restait du port. Pendant 10 minutes, il est tombé une pluie noire de carbone qui a recouvert les survivants et les débris d’une épaisse couche de substance noire. Mais l’horreur n’était pas finie!

En effet. À l’époque, le moyen de chauffage le plus répandu dans la région était l’huile. En ce 6 décembre, les réservoirs étaient à leur plus haut niveau en prévision de l’hiver. L’explosion du navire a enflammé tous ces réservoirs et les gens qui avaient survécu à l’explosion, au raz de marée, à la pluie de métal brulant et à l’averse de charbon ont péris dans l’incendie de leur maison. Enfin, le lendemain, il y a eu une tempête et environ 40 cm de neige sont venu ralentir l’arrivée des secours, laissant périr de froid dans leur maison sans fenêtre ceux qui vivaient encore…

Alors, j’espère que maintenant, votre manque d’explosion est partiellement comblé. Si ce n’est pas le cas, vous pouvez toujours faire une recherche Google à propos de l’explosion du Krakatoa ou visiter cette page de Wikipedia, qui liste toutes les explosions d’importance de l’histoire. Après ça, si vous n’en n’avez pas assez, il y a des chances que la meilleure demeure pour vous soit un endroit où vous êtes bien surveillé, et d’où il est préférable que vous ne sortiez pas…

Les nuages noctulescents ressemblent à ceci. Le rouge au bas de l’image est simplement la fin du couché de soleil. Parfois, ils sont bleu électrique. Cette photo a été prise en Finlande.

Bonjour cher lecteur en manque de lecture. Quoi de mieux pour bien commencer la journée que de se mettre la tête dans les nuages? Il n’est d’ailleurs pas question de choisir n’importe quel nuage. Les Cumulus Nimbus, les Alto Stratus et les trainées d’avion sont dépassé. Voici maintenant, les nuages les moins connus de tous, les nuages noctulescents!

Ces nuages ont tout pour être exceptionnel et sont assez rare. Il est probable que vous n’en avez jamais vu. Premièrement, ils sont visible la nuit, 30 à 60 minutes après le coucher du soleil, et ils sont généralement d’un blanc brillant ou d’un bleu électrique dans la nuit noire! Comme si ce n’était pas assez, ce sont les nuages les plus haut que l’on peut rencontrer sur terre: environ 85 km (oui, oui, des kilomètres!!) d’altitude. Quand on se dit que les nuages d’orages (ceux qui sont vraiment très haut) atteignent un minable 15 km de hauteur, on réalise que c’est vraiment très élevé. En fait, mêmes les ballons météorologiques ne peuvent pas atteindre cette hauteur et il est plus pratique de les étudier avec des satellites qu’à partir du sol.

Pour les voir, il est préférable d’être entre le 50e et le 70e parallèle, ce qui correspond grossièrement à la cote-nord et au labrador. Il n’est pas impossible d’en rencontrer plus au sud mais c’est beaucoup plus rare. Par exemple, on en a déjà observé au Colorado.

La formation des nuages noctulescents est très énigmatique. En général, si on veut former des nuages, il faut deux conditions. Premièrement, il faut de la vapeur d’eau (dah!) et ensuite, il faut de petites poussières. Pratiquement tous les nuages “normaux” sont formés à partir de ces deux conditions. Par contre, à 85 km de hauteur, l’air est environ 100 millions de fois plus sec que dans le Sahara et les poussières du sol ne se rendent pratiquement pas. Il a été proposé que, parfois durant l’été, des vents puissants peuvent amener quelques traces d’humidité cette hauteur et que les poussières proviennent de la désintégration des météorites! D’autres personnes pensent que l’eau peut être amenée à cette hauteur via le passage des fusées (certain types de fusées dégagent de l’eau lorsque leurs moteurs sont en marche) et que les poussières sont projetées à cette hauteur par des éruptions volcaniques très puissantes. Bref, ce qu’il faut retenir, c’est que la formation des nuages noctulescents n’est pas très bien comprise…

Bref, si pour une raison ou une autre, vous avez la tête dans les nuages (après quelques verres de trop!), sachez que c’est bien plus cool d’avoir la tête dans les nuages noctulescents!

Voici une pierre qui a fait son bout de chemin. Il faut admettre que le fait d’avoir un joli couché de soleil avec en avant plan une roche qui bouge est une situation qui possède un charme difficile à décrire.

Bonjour cher lecteur immobile sur sa chaise! Parlant d’immobilité, s’il y a des choses que l’on présume qui ne bougent pas, ce sont bien les rochers. Mis à part autour des volcans, où les roches revolent un peu partout, elles ont bien l’habitude de rester en place. Mais, oh! Il y a une exception! Il y a un endroit dans le monde qu’on appelle la Racetrack Playa. C’est situé juste à coté de la vallée de la mort en Californie. La Racetrack Playa est en fait un ancien lac complètement asséché mais ce n’est pas ce qui rend l’endroit intéressant. Ce qui rend cet endroit incroyable, c’est que, sans l’aide d’aucun animal ou humain, les roches avancent! Et en plus, elles laissent une petite trainée derrière eux (parce qu’elles sont lourde… paradoxe!)

Une des choses les plus étrange, c’est que si l’on se rend sur place et qu’on observe les roches, il semble évident qu’elles n’avancent pas! On peut même rester pas mal longtemps et nada, les roches sont immobiles! Personne n’a jamais vu les roches avancer. Il a en fait été découvert, surement par quelqu’un de très patient, que les roche avancent une fois ou deux par année et que leur trainée reste visible trois ou quatre ans. Parfois aussi, les roches tombent sur le coté, ce qui fait que leur trainée change de forme.

La grosse question est évidemment : Comment les roches avancent? On pourrait penser que c’est à cause du vent, mais il se trouve que les roches ne vont pas toutes dans la même direction, qu’elles tournent et peuvent même se promener en zig zag. Le vent ne pourrait par faire ça!

L’hypothèse la plus probable est la suivante. Bien que l’endroit soit désertique, il pleut quelque fois par année. Étant donné que la Racetrack Playa est située à plus de 1300m d’altitude, il arrive que la nuit, l’hiver, il fasse moins que zéro Celsius. Voici alors ce qui se passe :

1. Il pleut et le sol est tout imbibé d’eau
2. La nuit tombe et l’eau gèle assez profondément parce qu’il fait froid. La roche est maintenant sur une couche de glace mais elle ne bouge pas.
3. Au levé du soleil, une petite couche de glace fond. La roche est maintenant sur une patinoire recouverte d’une mince couche d’eau!
4. Le vent fait avancer la roche un peu et comme le sol est gluant, celle-ci laisse une trainée.
   Quand il commence à faire trop chaud, la glace fond et la roche ne peut plus avancer.
5. La prochaine fois que ce cycle se produira, il est très probable que le vent ne souffle pas dans la même direction. On verra donc la trainée de la roche tourner!
6. Il arrive que certaines roches, plus lourde ou mieux collée n’avancent pas et que d’autre avancent. La combinaison des roches qui avance et ces cycles de gel-dégel fait que les roches ont l’air de se promener au hasard.
Alors voila, j’imagine que maintenant vous vous sentes moins immobile sur votre chaise à lire mon sympathique petit texte sur les roches nomades! Peut-être que vous n’y avez pas pensé, mais il me semble que ce serait cool d’amener des nains de jardin, ou bien des roches taillées en pièce de jeu d’échec pour les laisser se balader. Peut-être que la Racetrack Playa pourrais faire un échec et mat… (insérer musique de suspense ici)